Chromatin accessibility landscape of articular knee cartilage reveals aberrant enhancer regulation in osteoarthritis

มีหลักฐานในมนุษย์ระยะต้น เช่น case series หรือกลุ่มตัวอย่างขนาดเล็ก ที่กำลังสำรวจประโยชน์ที่เป็นไปได้

• ระดับ A · หลักฐานทางคลินิกค่อนข้างแข็งแรง
• ระดับ B · หลักฐานทางคลินิกที่กำลังเติบโตและมีสัญญาณเชิงบวก
• ระดับ C · งานวิจัยในมนุษย์ระยะต้นที่กำลังสำรวจประโยชน์
• ระดับ D · รากฐานทางวิทยาศาสตร์จากห้องปฏิบัติการและสัตว์ทดลอง
• กำลังศึกษาเพิ่มเติม · หัวข้อใหม่ที่นักวิจัยกำลังสำรวจอย่างต่อเนื่อง

บทคัดย่อ (ต้นฉบับภาษาอังกฤษ)

Osteoarthritis (OA) is a common joint disorder with increasing impact in an aging society. While genetic and transcriptomic analyses have revealed some genes and non-coding loci associated to OA, the pathogenesis remains incompletely understood. Chromatin profiling, which provides insight into gene regulation, has not been reported in OA mainly due to technical difficulties. Here, we employed Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing (ATAC-seq) to map the accessible chromatin landscape in articular knee cartilage of OA patients. We identified 109,215 accessible chromatin regions for cartilages, of which 71% were annotated as enhancers. By overlaying them with genetic and DNA methylation data, we have determined potential OA-relevant enhancers and their putative target genes. Furthermore, through integration with RNA-seq data, we characterized genes that are altered both at epigenomic and transcriptomic levels in OA. These genes are enriched in pathways regulating ossification and mesenchymal stem cell (MSC) differentiation. Consistently, the differentially accessible regions in OA are enriched for MSC-specific enhancers and motifs of transcription factor families involved in osteoblast differentiation. In conclusion, we demonstrate how direct chromatin profiling of clinical tissues can provide comprehensive epigenetic information for a disease a

ระดับหลักฐาน

มีหลักฐานในมนุษย์ระยะต้น เช่น case series หรือกลุ่มตัวอย่างขนาดเล็ก ที่กำลังสำรวจประโยชน์ที่เป็นไปได้

ดูงานวิจัยทั้งหมดที่เกี่ยวข้อง

กรองห้องสมุดงานวิจัยด้วยชื่อเรื่อง ชื่อผู้เขียน หรือปีที่ตีพิมพ์ของงานวิจัยนี้