MEBOCOST maps metabolite-mediated intercellular communications using single-cell RNA-seq

มีหลักฐานในมนุษย์ระยะต้น เช่น case series หรือกลุ่มตัวอย่างขนาดเล็ก ที่กำลังสำรวจประโยชน์ที่เป็นไปได้

• ระดับ A · หลักฐานทางคลินิกค่อนข้างแข็งแรง
• ระดับ B · หลักฐานทางคลินิกที่กำลังเติบโตและมีสัญญาณเชิงบวก
• ระดับ C · งานวิจัยในมนุษย์ระยะต้นที่กำลังสำรวจประโยชน์
• ระดับ D · รากฐานทางวิทยาศาสตร์จากห้องปฏิบัติการและสัตว์ทดลอง
• กำลังศึกษาเพิ่มเติม · หัวข้อใหม่ที่นักวิจัยกำลังสำรวจอย่างต่อเนื่อง

บทคัดย่อ (ต้นฉบับภาษาอังกฤษ)

Cell-cell communication (CCC) is crucial for cellular function and tissue homeostasis. Existing methods for protein-oriented CCC detection often overlook metabolite-mediated CCC (mCCC), and adapting them to mCCC analysis is challenging due to fundamental differences in the underlying biological mechanisms. To fill this gap, we developed MEBOCOST, an algorithm built on scRNA-seq and metabolic flux balance analysis to detect mCCC among single cells. Comprehensive benchmarking analyses based on simulation, spatial, CRISPR screen, and clinical patient data demonstrated the robustness of MEBOCOST in detecting biologically significant mCCC events. We applied MEBOCOST to scRNA-seq datasets of human white adipose tissues and unraveled macrophages were the predominant source of mCCC reprogramming in obese patients. Moreover, analysis in mice brown adipose tissue successfully recapitulated known and further uncovered new mCCC events, including a glutamine-mediated endothelial-to-adipocyte communication, which was experimentally verified to regulate adipocyte differentiation. Therefore, MEBOCOST is a valuable tool for researchers investigating mCCC in diverse biological contexts and disease samples. MEBOCOST is freely available at https://github.com/kaifuchenlab/MEBOCOST.

ระดับหลักฐาน

มีหลักฐานในมนุษย์ระยะต้น เช่น case series หรือกลุ่มตัวอย่างขนาดเล็ก ที่กำลังสำรวจประโยชน์ที่เป็นไปได้

ดูงานวิจัยทั้งหมดที่เกี่ยวข้อง

กรองห้องสมุดงานวิจัยด้วยชื่อเรื่อง ชื่อผู้เขียน หรือปีที่ตีพิมพ์ของงานวิจัยนี้