scParadise: tunable, highly accurate multi-level cell type annotation, unknown cell type identification, and modality imputation

หลักฐานจากการศึกษาในห้องปฏิบัติการและสัตว์ทดลอง เป็นรากฐานที่ช่วยให้เข้าใจกลไกและศักยภาพก่อนการศึกษาในมนุษย์ต่อไป

• ระดับ A · หลักฐานทางคลินิกค่อนข้างแข็งแรง
• ระดับ B · หลักฐานทางคลินิกที่กำลังเติบโตและมีสัญญาณเชิงบวก
• ระดับ C · งานวิจัยในมนุษย์ระยะต้นที่กำลังสำรวจประโยชน์
• ระดับ D · รากฐานทางวิทยาศาสตร์จากห้องปฏิบัติการและสัตว์ทดลอง
• กำลังศึกษาเพิ่มเติม · หัวข้อใหม่ที่นักวิจัยกำลังสำรวจอย่างต่อเนื่อง

บทคัดย่อ (ต้นฉบับภาษาอังกฤษ)

In single-cell biology, the main limitation has shifted from data generation to converting sparse, heterogeneous single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) datasets into accurate cell types, interpretable multi-omic states, and reproducible conclusions. To address these challenges, we present scParadise, which transforms scRNA-seq data to a new scientific knowledge. scParadise comprises three integrated tools: scAdam, a multi-level cell type annotation tool with unknown cell type identification; scEve, a cross-tissue modality imputation tool; and scNoah, a standardized benchmarking tool. Using scParadise, we corrected annotation mistakes in the Tabula Muris Senis atlas, showing that cells labeled as granulocytes are exclusively neutrophils and that presumably annotated macrophages actually represent a range of different cell types. Moreover, we identify three previously unknown natural killer T (NKT) cell subsets by imputing protein expression across tissues, which include CD56dim CD3+, CD56dim CD3+ CD4+, and CD56dim CD3+ CD8+ cell subsets in human visceral adipose tissue, which we verify by flow cytometry. These new subsets engage in obesity-related tumor necrosis factor-centric crosstalk with myeloid and adipose progenitors, thereby illuminating a new paradigm for immune-stromal interactions that contribute to chronic inflammation and impaired adipogenesis.

ระดับหลักฐาน

หลักฐานจากการศึกษาในห้องปฏิบัติการและสัตว์ทดลอง เป็นรากฐานที่ช่วยให้เข้าใจกลไกและศักยภาพก่อนการศึกษาในมนุษย์ต่อไป

ดูงานวิจัยทั้งหมดที่เกี่ยวข้อง

กรองห้องสมุดงานวิจัยด้วยชื่อเรื่อง ชื่อผู้เขียน หรือปีที่ตีพิมพ์ของงานวิจัยนี้